※この場合特定の配送方法を特定の支払方法にすることで対応
例えばゆうパックの代引きの場合
includes/modules/payment/cod.php(代金引換モジュールを複製変更)65行目以降を下記に変更

if ($this->enabled == true) { 
        if ($order->content_type != 'physical') { 
          $this->enabled = false; 
        } 
if ($_SESSION['shipping']['id'] != 'yuupack_yuupack') { 
$this->enabled = false; 
         } 
        } 
    } 

上記は配送モジュールでゆうパックの場合適用する場合